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使用細胞工廠培養細胞時，預防是防止細胞培養過程中發生污染的最好辦法。只有預防工作做在前，才能將發生污染的可能性降到最小程度。一般預防可從以下幾方面著手：

1、從物品、用品消毒滅菌著手

細胞培養所用物品清洗、消毒要徹底，各種溶液滅菌除菌要仔細，并在無菌試驗陰性后才能使用。使用細胞工廠必須確保無菌無酶、操作室及剩余的無菌器材要定期清潔消毒滅菌。

2、從操作者做起

（1）操作者責任心要強，要細心穩重，操作技術要熟練。進無菌室前要用肥皂洗手或用5%新潔爾滅浸泡5分鐘，按規定穿隔離衣。進入后關好門，坐下來盡量少走動。工作開始要先用75%酒精棉球擦手、擦瓶口和燒灼瓶口。事先要嚴格檢查細胞工廠、溶液和培養物，不要把污染品或未經消毒的物品帶入無菌室內，更不能隨便使用，以免造成大批污染。

（2）操作者動作要輕，必須在火焰周圍無菌區內打開細胞工廠。操作時盡量不要談話，若打噴嚏或咳嗽應轉向背面。

（3）操作時要常更換吸管，切勿一根吸管做到底。一旦發現吸管口接觸了手和其他污染物品應棄去。實驗完畢及時收拾，保持實驗室清潔整齊，最后用消毒水浸泡的紗布擦臺面。

3、防止細胞交叉污染

在進行多種細胞培養操作時，所用器具要嚴格區分，最好做上標記便于辨別。并按順序進行操作，避免一起進行時易發生混亂。在進行換液或傳代操作時，注射器和滴管不要觸及細胞工廠瓶口，以免把細胞帶到培養液中污染其他細胞。所有細胞一旦購置，或從別處引入，或自己建立，均應及早留種凍存，一旦發生細胞工廠工廠中污染可棄之復蘇，重新培養。