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細胞工廠作為大規模細胞培養的常用容器，被廣泛應用于疫苗、生物制藥、細胞及基因治療等領域。多層結構的設計，也讓其擁有了兩種不同的培養方式：直接灌式培養和收獲式培養。

直接灌式培養：是指不借助其他管路系統，直接將培養基倒入細胞工廠進行培養的一種方式。倒入培養基后，將容器側放，靜置使培養基平均分配至每層；加液口朝上，平衡液面；緩慢將容器放至水平位置，加入培養箱中靜置培養。

收獲式培養：不同于直接灌式培養，它利用閉路管道形成一個密閉的系統，可以直接收獲細胞。首先更換空氣過濾器，增加通氣量；更換液體轉移管路套件；連接培養基與細胞工廠液體轉移管路；放置培養基于合適高度，使其在重力作用下流入容器內，添加完成后靜置，使培養基平均分配至每層；加液口朝上，平衡液面；緩慢平放后靜置平衡每層培養基；更換蓋子后放入培養基培養。

這兩種培養方式細胞工廠常用的兩種，其中直接灌式培養多用于單個容器或數量較少時培養，收獲式培養則用于多個容器培養操作，它可以將多個工廠串聯起來形成密閉系統，降低污染風險。