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細胞工廠是在大規模細胞培養中應用較多的一類耗材，細胞是一種非常脆弱的生物，細胞的體外培養需要特定的環境，其中無菌是基本的要求。

細胞在活體內，解毒系統和免疫系統可抵抗微生物或其他有害物質的入侵，但細胞在體外培養的過程中，缺乏機體免疫系統的保護而喪失對微生物的防御能力和對有害物質的解毒能力。為保證細胞能在體外環境中生長繁殖，必須要確保無菌工作區域、良好的個人衛生、無菌試劑和培養基以及無菌操作。

細胞工廠培養細胞時常見的微生物污染有支原體、細菌、真菌。支原體無致死毒性，可與細胞長期共存，對細胞有潛在影響，但體積小，不易鑒別，可借助于地衣紅或Hoechst33342染色來進行檢測。細菌增殖快，在短時間內即可大量擴增，并產生毒素殺死細胞。真菌的種類繁多，肉眼可見，漂浮于培養液面上，可呈絲狀、管狀或樹枝狀等。

如果細胞工廠內的細胞發生細菌污染，要根據具體情況分析污染源，然后依據污染情況進行處理，如果污染已經非常嚴重，建議丟棄培養物，重新培養。